Im Stockholmer Programm — „Ein offenes und sicheres Europa im Dienste und zum Schutz der Bürger“, das 2010 angenommen wurde, ersuchte der Europäische Rat die Organe der EU, „das Fachwissen der Agentur der Europäischen Union für Grundrechte in vollem Umfang zu nutzen und sich gegebenenfalls mit der Agentur entsprechend deren Mandat in Bezug auf die Entwicklung von Maßnahmen und Rechtsvorschriften mit Auswirkungen auf die Grundrechte zu beraten”. Diese Aufforderung wurde mit den Strategischen Leitlinien im Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts vom Juni 2015, in denen der Europäische Rat die EU-Organe und die Mitgliedstaaten aufrief, „das Fachwissen der einschlägigen EU-Agenturen“, darunter der FRA, „zu nutzen“, bekräftigt.

Die FRA kann Gutachten und Schlussfolgerungen für die EU-Organe und die Mitgliedstaaten zu bestimmten Themen abgeben. Darüber hinaus können das Europäische Parlament, der Rat oder die Kommission die Agentur ersuchen, Gutachten darüber einzuholen, ob die EU-Legislativvorschläge „mit den Grundrechten im Einklang stehen.“ Diese besondere Aufgabe trägt zur Erreichung des übergeordneten Ziels der Agentur bei, die EU-Organe und die Mitgliedstaaten dabei zu unterstützen, die Grundrechte vollumfänglich zu achten. 

Die FRA unterhält besonders enge Beziehungen zu folgenden Organen und Einrichtungen:

• Europäisches Parlament
• Rat der Europäischen Union
• Europäische Kommission
• Europäischer Ausschuss der Regionen
• Europäischer Wirtschafts- und Sozialausschuss
• EU-Agenturen