I Stockholmsprogrammet – ”Ett öppet och säkert Europa i medborgarnas tjänst och för deras skydd”, som antogs 2010, uppmanade Europeiska rådet EU:s institutioner att ”göra fullt bruk av sakkunskapen hos FRA och att när så är lämpligt nära samråda med byrån, i enlighet med dess mandat, om framtagande av politik och lagstiftning med betydelse för de grundläggande rättigheterna”. Uppmaningen förstärktes också i de Strategiska riktlinjerna på området för frihet, säkerhet och rättvisa i juni 2015, där Europeiska rådet uppmanade EU:s institutioner och medlemsstater att ”mobilisera experter från berörda EU-byråer såsom FRA.”

FRA kan lämna yttranden och slutsatser till EU:s institutioner och medlemsstater på specifika tematiska områden. Europaparlamentet, rådet eller kommissionen kan dessutom be byrån att yttra sig om EU:s lagstiftningsförslag ”när det gäller överensstämmelsen med de grundläggande rättigheterna.” Denna specifika uppgift bidrar till byråns övergripande målsättning att stödja EU:s institutioner och medlemsstater i att fullt ut respektera grundläggande rättigheter. 

FRA upprätthåller särskilt nära förbindelser med följande:

• Europaparlamentet
• Europeiska unionens råd
• Europeiska kommissionen
• Europeiska regionkommittén
• Europeiska ekonomiska och sociala kommittén
• EU:s byråer