V Stockholmskem programu – odprta in varna Evropa, ki služi državljanom in jih varuje, sprejetem leta 2010, je Evropski svet institucije EU pozval, naj „v celoti izkoristijo strokovno znanje Agencije Evropske unije za temeljne pravice in se z njo po potrebi v skladu z njenim mandatom posvetujejo o razvoju politik in zakonodajnih aktov, ki vplivajo na temeljne pravice“. Ta poziv je bil junija 2015 ponovno poudarjen v strateških smernicah na področju svobode, varnosti in pravosodja; Evropski svet je takrat institucije in države članice EU pozval, naj „mobilizira[jo] strokovno znanje ustreznih agencij EU“, med drugim Agencije Evropske unije za temeljne pravice.

Agencija Evropske unije za temeljne pravice lahko izdaja mnenja in sklepne ugotovitve o posebnih temah, naslovljene na institucije in države članice EU. Evropski parlament, Svet ali Komisija lahko agencijo zaprosijo, da pripravi mnenja o zakonodajnih predlogih EU, „kolikor ta mnenja zadevajo skladnost teh zakonodajnih predlogov s temeljnimi pravicami“. Te posebne naloge prispevajo k splošnemu cilju agencije, tj. podpori institucijam in državam članicam EU pri popolnem spoštovanju temeljnih pravic. 

Agencija Evropske unije za temeljne pravice vzdržuje izredno tesne stike z naslednjimi subjekti:

• Evropskim parlamentom;
• Svetom Evropske unije;
• Evropsko komisijo;
• Evropskim odborom regij;
• Evropskim ekonomsko-socialnim odborom;
• Agencijami EU.