Ve Stockholmském programu – „Otevřená a bezpečná Evropa, která slouží svým občanům a chrání je“ přijatém v roce 2010 vyzvala Evropská rada orgány EU, aby „v plné míře využívaly odborných znalostí agentury FRA a v případě potřeby s touto agenturou v souladu s jejím mandátem konzultovaly přípravu politik a právních předpisů majících dopad na základní práva“. Tato výzva byla rovněž podpořena ve strategických směrech v prostoru svobody, bezpečnosti a práva z června 2015, kde Evropská rada vyzvala orgány EU a členské státy, aby „mobilizovaly odborné znalosti v příslušných agenturách EU, jako je agentura FRA“.

Agentura FRA může pro orgány a členské státy EU vydávat stanoviska a závěry týkající se konkrétních tematických oblastí. Kromě toho mohou Evropský parlament, Rada nebo Komise požádat agenturu, aby vydala stanoviska k legislativním návrhům EU „pokud jde o jejich soulad se základními právy“. Tento konkrétní úkol přispívá k celkovému cíli agentury, a to podporovat orgány a členské státy EU v plném dodržování základních práv. 

Agentura FRA udržuje obzvláště úzké vztahy s následujícími subjekty:

• Evropský parlament
• Rada Evropské unie
• Evropská komise
• Evropský výbor regionů
• Evropský hospodářský a sociální výbor
• Agentury EU