Agenturet samarbejder med De Forenede Nationer (FN), Organisationen for Sikkerhed og Samarbejde i Europa (OSCE), Europarådet og andre internationale organisationer. Dette samarbejde er en del af FRA’s oprettelsesforordning og omfatter eksperthøringer, konferencer og seminarer samt data- og informationsdeling. Samarbejde skaber synergier og optimerer ressourcer, således at dobbeltarbejde undgås. Det bidrager også til at sikre, at de enkelte organisationers arbejde supplerer hinanden, således at anbefalinger og rådgivning i højere grad stemmer overens.