Amet teeb koostööd Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni (ÜRO), Euroopa Julgeoleku- ja Koostööorganisatsiooni (OSCE), Euroopa Nõukogu ja muude rahvusvaheliste organisatsioonidega. See koostöö on sätestatud FRA asutamismääruses ning hõlmab ekspertidega konsulteerimist, konverentse ja seminare ning andmete ja teabe jagamist. Koostöö loob sünergiaid ja optimeerib ressursside kasutamist, millega välditakse tegevuse dubleerimist. Samuti aitab see tagada, et organisatsioonide tegevus täiendab teiste oma, et soovitused ja nõuanded oleksid paremini kooskõlas.