L-Aġenzija tikkoopera man-Nazzjonijiet Uniti (NU), l-Organizzazzjoni għas-Sigurtà u l-Kooperazzjoni fl-Ewropa (OSKE), il-Kunsill tal-Ewropa u organizzazzjonijiet internazzjonali oħra. Din il-kooperazzjoni tifforma parti mir-Regolament ta' Twaqqif tal-FRA u tinkludi konsultazzjonijiet esperti, konferenzi u seminars kif ukoll il-kondiviżjoni tad-'data' u tal-informazzjoni. Il-kooperazzjoni toħloq sinerġiji u tottimizza r-riżorsi sabiex tiġi evitata d-duplikazzjoni tax-xogħol. Din tgħin ukoll biex tiżgura li l-ħidma tal-organizzazzjonijiet differenti tikkomplementa lil xulxin, sabiex ir-rakkomandazzjonijiet u l-pariri jkunu aktar allinjati.