Virasto tekee yhteistyötä Yhdistyneiden kansakuntien (YK), Euroopan turvallisuus- ja yhteistyöjärjestön (Etyj), Euroopan neuvoston ja muiden kansainvälisten organisaatioiden kanssa. Tästä yhteistyöstä säädetään perusoikeusviraston perustamisasetuksessa, ja siihen sisältyy asiantuntijoiden kuulemista, konferensseja ja seminaareja sekä datan ja tietojen jakamista. Yhteistyöllä luodaan synergiavaikutuksia ja optimoidaan resursseja ja vältetään siten työn päällekkäisyyttä. Samalla autetaan varmistamaan eri organisaatioiden työn keskinäinen täydentävyys, jotta suositukset ja neuvonta ovat yhdenmukaisia.