Het Bureau werkt samen met de Verenigde Naties (VN), de Organisatie voor Veiligheid en Samenwerking in Europa (OVSE), de Raad van Europa en andere internationale organisaties. Deze samenwerking is opgenomen in de oprichtingsverordening van FRA en behelst raadpleging van deskundigen, conferenties en seminars evenals het delen van gegevens en informatie. Samenwerking creëert synergieën en optimaliseert middelen, zodat dubbel werk wordt vermeden. Tevens wordt met samenwerking gewaarborgd dat de werkzaamheden van de verschillende organisaties complementair zijn, zodat hun aanbevelingen en advies beter op elkaar zijn afgestemd.