L'agence coopère avec les Nations Unies (ONU), l'Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE), le Conseil de l'Europe et d'autres organisations internationales. Cette coopération s'inscrit dans le cadre des dispositions du règlement fondateur de la FRA et comprend des consultations d'experts, des conférences et des séminaires, ainsi que des échanges de données et d'informations. Elle crée des synergies et permet d'optimiser les ressources afin d'éviter les doubles emplois. Elle contribue aussi à un meilleur alignement des recommandations et avis des différentes organisations en faisant en sorte que leurs travaux se complètent mutuellement.