Agentūra bendradarbiauja su Jungtinėmis Tautomis (JT), Europos saugumo ir bendradarbiavimo organizacija (ESBO), Europos Taryba ir kitomis tarptautinėmis organizacijomis. Šis bendradarbiavimas yra FRA Steigimo reglamento dalis ir apima ekspertų konsultacijas, konferencijas ir seminarus, taip pat dalijimąsi duomenimis ir informacija. Bendradarbiavimas sukuria sinergiją ir optimizuoja išteklius, kad būtų išvengta darbo dubliavimo. Jis taip pat padeda užtikrinti, kad skirtingų organizacijų veikla papildytų viena kitą siekiant, kad rekomendacijos ir konsultacijos būtų labiau suderintos.