Agencja współpracuje z Organizacją Narodów Zjednoczonych (ONZ), Organizacją Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie (OBWE), Radą Europy i innymi organizacjami międzynarodowymi. Współpraca ta wpisuje się w ramy rozporządzenia ustanawiającego FRA i obejmuje konsultacje z ekspertami, konferencje i seminaria, a także wymianę danych i informacji. Prowadzi ona do synergii i optymalizacji zasobów, a tym samym zapobiega powielaniu prac. Przyczynia się również do zapewnienia komplementarności prac różnych organizacji, dzięki czemu zalecenia i porady są bardziej spójne.