Fil-Programm ta’ Stokkolma – “Ewropa miftuħa u sigura għas-servizz u l-protezzjoni taċ-ċittadini”, adottat fl-2010, il-Kunsill Ewropew stieden lill-istituzzjonijiet tal-UE biex “jagħmlu użu sħiħ mill-għarfien espert tal-FRA u biex jikkonsultaw, fejn meħtieġ, mal-Aġenzija, f’konformità mal-mandat tagħha, rigward l-iżvilupp tal-politiki u l-leġiżlazzjoni b’implikazzjonijiet għad-drittijiet fundamentali”. F’Ġunju 2015, din is-sejħa ssaħħet ukoll permezz tal-Linji gwida strateġiċi fil-qasam tal-libertà, is-sigurtà u l-ġustizzja, fejn il-Kunsill Ewropew stieden lill-istituzzjonijiet u lill-Istati Membri tal-UE biex "jimmobilizzaw l-għarfien espert tal-aġenziji tal-UE rilevanti, fosthom il-FRA.

Il-FRA tista’ toħroġ opinjonijiet u konklużjonijiet lill-istituzzjonijiet u lill-Istati Membri tal-UE dwar suġġetti tematiċi speċifiċi. Barra minn hekk, il-Parlament Ewropew, il-Kunsill jew il-Kummissjoni jistgħu jitolbu lill-aġenzija biex tagħti opinjonijiet dwar proposti leġiżlattivi tal-UE “sakemm dawn jikkonċernaw u huma kompatibbli mad-drittijiet fundamentali”. Dan il-kompitu speċifiku jikkontribwixxi għall-għan ġenerali tal-aġenzija li tappoġġa lill-istituzzjonijiet u lill-Istati Membri tal-UE biex jirrispettaw bis-sħiħ id-drittijiet fundamentali. 

Il-FRA żżomm rabtiet partikolarment mill-qrib ma’ dawn li ġejjin:

• Il-Parlament Ewropew
• Il-Kunsill tal-Unjoni Ewropea
• Il-Kummissjoni Ewropea
• Il-Kumitat Ewropew tar-Reġjuni
• Il-Kumitat Ekonomiku u Soċjali Ewropew
• L-aġenziji tal-UE