FRA har ett nära samarbete med sina partner på alla nivåer inom Europeiska unionen för att säkerställa att verksamheten är relevant för aktuella frågor om grundläggande rättigheter och framtida trender. Byrån håller samråd med en rad olika intressenter för att se till att dess projekt motsvarar specifika brister och behov. För att samla kunskap och resurser samordnar FRA forskning och delar expertkunskaper med ett stort antal organisationer.