La FRA lavora a stretto contatto con i suoi partner a tutti i livelli dell'Unione europea per garantire che le sue attività siano pertinenti per le attuali questioni relative ai diritti fondamentali e per le tendenze future. L’agenzia tiene consultazioni con un’ampia gamma di soggetti interessati per garantire che i suoi progetti rispondano a lacune ed esigenze specifiche. Al fine di mettere in comune conoscenze e risorse, la FRA coordina la ricerca e condivide le competenze con un gran numero di organizzazioni.