A FRA trabalha em estreita colaboração com os seus parceiros a todos os níveis da União Europeia para garantir que as suas atividades são relevantes para as questões atuais e as futuras tendências em matéria de direitos fundamentais. A Agência realiza consultas com um vasto leque de partes interessadas, a fim de assegurar que os seus projetos vão ao encontro de lacunas e necessidades específicas. A fim de reunir conhecimentos e recursos, a FRA coordena investigação e partilha competências especializadas com um vasto número de organizações.