Agentura FRA úzce spolupracuje se svými partnery na všech úrovních Evropské unie s cílem zajistit, aby její činnosti měly význam pro aktuální otázky základních práv i budoucí trendy. Agentura vede konzultace s širokou škálou zainteresovaných stran, aby zajistila, že její projekty reagují na konkrétní nedostatky a potřeby. Za účelem shromáždění znalostí a zdrojů agentura FRA koordinuje výzkum a sdílí odborné znalosti s velkým počtem organizací.