Perusoikeusvirasto tekee kumppaneidensa kanssa tiivistä yhteistyötä kaikilla Euroopan unionin tasoilla. Näin se varmistaa, että viraston toiminta vastaa perusoikeuskysymysten nykytilannetta ja tulevia kehityssuuntia. Virasto järjestää kuulemistilaisuuksia erilaisten sidosryhmien kanssa ja varmistaa siten, että sen hankkeilla vastataan erityisiin puutteisiin ja tarpeisiin. Perusoikeusvirasto kokoaa osaamista ja resursseja koordinoimalla tutkimusta ja jakamalla asiantuntemusta monien organisaatioiden kanssa.