Agenția cooperează cu Organizația Națiunilor Unite (ONU), Organizația pentru Securitate și Cooperare în Europa (OSCE), Consiliul Europei și cu alte organizații internaționale. Această cooperare este cuprinsă în Regulamentul constitutiv al FRA și include consultări de specialitate, conferințe și seminare, precum și partajarea de date și informații. Cooperarea generează sinergii și optimizează resursele, astfel încât să se evite duplicarea activităților. De asemenea, ajută diferite organizații să-și completeze reciproc activitatea pentru o mai bună uniformizare a recomandărilor și a îndrumărilor.