L'agenzia collabora con le Nazioni Unite (ONU), l'Organizzazione per la sicurezza e la cooperazione in Europa (OSCE), il Consiglio d'Europa e altre organizzazioni internazionali. Questa cooperazione rientra nel regolamento istitutivo della FRA e comprende consultazioni di esperti, conferenze e seminari, nonché la condivisione di dati e informazioni. La cooperazione crea sinergie e ottimizza le risorse in modo da evitare la duplicazione del lavoro. Contribuisce inoltre a garantire che il lavoro delle diverse organizzazioni sia complementare, in modo che le raccomandazioni e i consigli siano maggiormente allineati.