Ο FRA συνεργάζεται με τον Οργανισμό Ηνωμένων Εθνών (ΟΗΕ), τον Οργανισμό για την Ασφάλεια και τη Συνεργασία στην Ευρώπη (ΟΑΣΕ), το Συμβούλιο της Ευρώπης και άλλους διεθνείς οργανισμούς. Η συνεργασία αυτή προβλέπεται στον ιδρυτικό κανονισμό του FRA, όπως επίσης και οι διαβουλεύσεις με εμπειρογνώμονες, τα συνέδρια και σεμινάρια, καθώς και η ανταλλαγή δεδομένων και πληροφοριών. Η συνεργασία δημιουργεί συνέργειες και βελτιστοποιεί τους πόρους ώστε να αποφεύγεται η επανάληψη των ίδιων εργασιών. Επίσης, συμβάλλει στη διασφάλιση της συμπληρωματικότητας των εργασιών των διάφορων οργανισμών για την καλύτερη αξιοποίηση των συστάσεων και συμβουλών.