Die Agentur arbeitet mit den Vereinten Nationen (UN), der Organisation für Sicherheit und Zusammenarbeit in Europa (OSZE), dem Europarat und anderen internationalen Organisationen zusammen. Diese Zusammenarbeit ist Bestandteil der Gründungsverordnung der FRA und umfasst fachliche Beratungen, Konferenzen und Seminare sowie den Austausch von Daten und Informationen. Die Zusammenarbeit schafft Synergien und optimiert die Ressourcen, sodass Doppelarbeit vermieden wird. Sie sorgt auch dafür, dass sich die verschiedenen Organisationen in ihrer Arbeit gegenseitig ergänzen, damit Empfehlungen und Beratung besser aufeinander abgestimmt sind.