La FRA est financée par des fonds de l’Union européenne qui lui sont alloués chaque année par les autorités budgétaires de l’Union européenne, à savoir le Parlement européen (élu directement) et le Conseil de l’Union européenne (composé de représentants des 28 gouvernements nationaux). 

Le directeur de la FRA doit soumettre au Parlement européen des informations sur la manière dont l’Agence a exécuté son budget (à la demande du Conseil de l’Union européenne).

L’Agence est également tenue de présenter son rapport annuel au Parlement européen et de rédiger un rapport d’activité annuel. Le budget de la FRA pour 2019 s’élève à 22 millions d’euros.