Die FRA wird durch Mittel der Europäischen Union finanziert, die ihr auf Jahresbasis durch die Haushaltsbehörde der Europäischen Union, d. h. durch das Europäischen Parlament (direkt gewählt) und den Rat der Europäischen Union (Vertreter der Regierungen der 28 Mitgliedstaaten), zugewiesen werden.

Der Direktor der FRA muss dem Europäischen Parlament (auf Ersuchen des Rates der Europäischen Union) Informationen über die Ausführung des Haushaltsplans durch die FRA vorlegen. Die FRA hat ferner dem Europäischen Parlament ihren Jahresbericht vorzulegen und einen jährlichen Tätigkeitsbericht zu erarbeiten. Der Haushaltsplan der Agentur für das Jahr 2019 hat ein Volumen von 22 Mio. EUR.