Der Verwaltungsrat besteht aus je einem/einer unabhängigen MenschenrechtsexpertIn aus jedem der 27 Mitgliedstaaten. Ferner gehören dem Verwaltungsrat eine vom Europarat ernannte unabhängige Person und zwei VertreterInnen der Europäischen Kommission an.
Der Verwaltungsrat ernennt den Direktor und den wissenschaftlichen Ausschuss, der nach einem offenen Bewerbungsaufruf ausgewählt wird. Er nimmt das Jahresarbeitsprogramm der FRA, ihre Jahresberichte, ihre Haushaltspläne und ihre Finanzregelung an.

Der Exekutivausschuss besteht aus dem/der Vorsitzenden und dem/der stellvertretenden Vorsitzenden des Verwaltungsrats, zwei weiteren Mitgliedern des Verwaltungsrats und einem der VertreterInnen der Europäischen Kommission. Der Exekutivausschuss bereitet die Beschlüsse des Verwaltungsrats vor und unterstützt und berät den Direktor.

Der Direktor ist für die Durchführung der Aufgaben der FRA und für die Stellenbesetzung verantwortlich.

Der wissenschaftliche Ausschuss setzt sich aus 11 unabhängigen Menschenrechtsexperten und Menschenrechtsexpertinnen zusammen.
Der wissenschaftliche Ausschuss gewährleistet die wissenschaftliche Qualität der Arbeit der FRA. Seine Mitglieder werden im Wege eines offenen Bewerbungsaufrufs ausgewählt.